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Más internamente existe una capa celular circular denominada endodermis, que limita hacia adentro con el periciclo. La endodermis puede considerarse la parte más interna de la corteza radical, mientras que el periciclo es el límite externo del cilindro vascular. La endodermis posee una variación estructural de sus paredes celulares anticlinales, que es fundamental para el funcionamiento de la raíz y que la hace muy visible en los cortes transversales (Figuras 4C, 5D y 6B). Dicha variante consiste en un engrosamiento de las paredes debido al depósito de lignina y suberina, lo que impide el flujo del agua y los nutrientes por las paredes y los espacios intercelulares, también conocidos en conjunto como el apoplasto o parte no viva de la raíz. En consecuencia, dichas sustancias deben penetrar a la parte viva de las células de la raíz (los citoplasmas), que en conjunto reciben el nombre de simplasto, a través del cual pasan hacia el xilema del haz vascular. El mencionado engrosamiento de la pared de las células de la endodermis recibe el nombre de banda de Caspary, la cual puede hallarse también en la exodermis. Es notable que las células de esta estructura carecen de plasmodesmos.