Algunas raíces también experimentan crecimiento secundario, el cual se da de manera similar a como ocurre en el tallo a partir de tejido meristemático secundario. Dicho tejido meristemático puede ser cambio vascular (cambium) o felógeno, los cuales están presentes sólo en la raíz de dicotiledóneas leñosas y gimnospermas. Las raíces secundarias e incluso las primarias que son muy gruesas, carecen de capacidad de absorción, por lo que sólo sirven para sostener la planta en su sustrato, para transportar agua y nutrientes desde las zonas de absorción hacia el tallo o para almacenamiento de nutrientes.

La raíz es estructuralmente compleja y puede dividirse en tres grandes componentes diferenciables por aspectos morfoanatómicos: el ápice, el cuerpo y cuello. En el ápice se lleva a cabo la penetración del suelo, la generación de nuevas células y la absorción de agua y nutrientes. En el cuerpo hay tejidos completamente diferenciados que se especializan en transporte y almacenamiento, mientras que el cuello es la zona de transición con el tallo y también se denomina eje hipocotíleo en la plántula.

El ápice de la raíz es una estructura con variadas funciones y puede dividirse en cuatro zonas funcionalmente diferentes: la cofia (protección y gravitropismo), el meristemo (proliferación celular), la zona de elongación o crecimiento y la zona de maduración (diferenciación) (Figura 2). La cofia, también denominada caliptra o pilorriza, se encarga de dar cobertura física al meristemo y de facilitar la penetración de la raíz en el sustrato. Sus células poseen la capacidad de secretar una sustancia mucilaginosa llamada mucigel, que disminuyen la fricción con el suelo y posee sustancias químicas que atraen microorganismos. Además, la cofia es sensible al estímulo gravitatorio, pues las raíces sin ella no se curvan en respuesta a la fuerza de gravedad. Al parecer unos organelos especiales denominados amiloplastos (antes llamados estatolitos), están involucrados en la respuesta gravitatoria, pero el mecanismo exacto se desconoce.