El cuerpo de la raíz está constituido por tejidos maduros, plenamente diferenciados y puede presentar crecimiento secundario en algunas especies. En esta parte todas las raíces poseen los tres tipos de tejidos, basal, vascular y epidermal, constituyendo así el lugar de mayor complejidad anatómica del sistema radical.

Ahora bien, dado que carece de hojas y nudos, su estructura es más sencilla que la del tallo. La disposición general es la de un cilindro vascular sólido y central, conocida también con el nombre de estela, en el que generalmente el xilema está en el centro y es rodeado por el floema, conformando una típica protostela. Externamente al cilindro de tejidos vasculares se ubica el periciclo, que constituye su capa más externa, y luego la endodermis.

Esta estructura central se encuentra completamente rodeada por la corteza de la raíz, la cual está recubierta por una epidermis denominada rizodermis. Sólo en las monocotiledóneas se presenta una variante anatómica notable a la anterior descripción de la raíz, pues en ellas hay una médula central de parénquima rodeada por el cilindro vascular continuo, creando así una sifonostela.